El RNAseq de una sola célula descubre la heterogeneidad celular y proporciona una firma para la apnea del sueño pediátrica

by | Nov 14, 2022 | 0 comments

Resumen

Antecedentes La apnea obstructiva del sueño (AOS) es una enfermedad muy prevalente y una de las principales causas de inflamación sistémica que conduce a disfunción neurocognitiva, conductual, metabólica y cardiovascular en niños y adultos. Sin embargo, queda por determinar el impacto de la AOS en la heterogeneidad de las células inmunitarias circulantes.

Métodos Aplicamos análisis transcriptómicos de una sola célula (scRNA-seq) para identificar cambios inducidos por OSA en el panorama transcripcional en la composición de PBMC que descubrieron diferencias dependientes de la gravedad en varios linajes celulares. Además, se utilizó un enfoque de aprendizaje automático para combinar marcadores específicos de células scRNAs-seq con aquellos expresados ​​diferencialmente en AOS.

Resultados scRNA-seq demostró la heterogeneidad inducida por OSA en la composición celular y permitió la identificación de tipos de células no descritos previamente en PBMC. Identificamos una firma molecular que consta de 32 genes, que distinguió a los pacientes con OSA de varios controles con alta precisión (AUC = 0,96) y exactitud (93 % PPV y 95 % VPN, respectivamente) en un conjunto de datos de expresión de ARN a granel de PBMC independiente.

Conclusión La AOS desregula la función inmunitaria sistémica y muestra una firma molecular que puede evaluarse en el ARN celular estándar sin necesidad de una separación celular preanalítica, lo que hace que el ensayo se pueda aplicar en un entorno de diagnóstico molecular.

notas al pie

Este manuscrito ha sido recientemente aceptado para su publicación en el Revista respiratoria europea. Se publica aquí en su forma aceptada antes de que nuestro equipo de producción lo corrija y escriba. Una vez que estos procesos de producción estén completos y los autores hayan aprobado las pruebas resultantes, el artículo pasará al último número de la ERJ en línea. Abra o descargue el PDF para ver este artículo.

Conflicto de intereses: Todos los autores no tienen nada que revelar.

  • Recibió 25 de julio de 2022.
  • Aceptado 22 de septiembre de 2022.

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