Resumen
Fondo
Él Factor de transición epitelial mesenquimatoso (REUNIÓ) codifica un receptor de tirosina quinasa con funciones pleiotrópicas en el cáncer. REUNIÓ alteraciones de omisión del exón 14 y alto nivel REUNIÓ amplificación son cambios genéticos oncogénicos y susceptibles de tratamiento en pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC). La resistencia a los inhibidores de la tirosina quinasa (TKI) ha sido un desafío importante para las terapias dirigidas que afecta su eficacia clínica.
Métodos
Ochenta y seis pacientes con NSCLC se clasificaron en tres cohortes según el momento de la detección REUNIÓ mutaciones en el dominio tirosina quinasa (TKD) (cohorte 1: al inicio del estudio; cohorte 2: después del tratamiento con MET-TKI; cohorte 3: después del tratamiento con EGFR-TKI). Las muestras de tratamiento de TKI de referencia y emparejadas se analizaron mediante secuenciación dirigida de próxima generación.
Resultados
REUNIÓ Las mutaciones de TKD fueron muy frecuentes en METex14-pacientes con NSCLC positivo después del tratamiento con MET-TKI, incluidos L1195V, D1228N/H/Y/E, Y1230C/H/N/S y un mutante doble dentro de los codones D1228 y M1229. mutaciones sin sentido en REUNIÓ También se identificaron TKD al inicio y en las muestras de tratamiento posteriores a EGFR-TKI, que mostraron patrones de distribución diferentes a los de las muestras de tratamiento posteriores a MET-TKI. Sorprendentemente, H1094Y y L1195F, ausentes en los pacientes tratados con MET-TKI, fueron el tipo predominante de REUNIÓ Mutaciones de TKD en pacientes después del tratamiento con EGFR-TKI. D1228H, que no se encontró en pacientes sin tratamiento previo, también representó el 14,3% de todos REUNIÓ Mutaciones de TKD en muestras tratadas con EGFR-TKI. Dos pacientes con base EGFR-mutaciones sensibilizantes que adquirieron REUNIÓ-V1092I o REUNIÓ-H1094Y después del tratamiento de primera línea con EGFR-TKI experimentó una mejoría general en sus síntomas clínicos, seguido de una terapia dirigida con MET-TKI.
Conclusiones
REUNIÓ Las mutaciones de TKD se identificaron tanto en la línea de base como en los pacientes tratados con TKI. REUNIÓ-H1094Y podría desempeñar un papel oncogénico en NSCLC y puede conferir resistencia adquirida a EGFR-TKI. Los datos preliminares indican que EGFR-Pacientes con NSCLC mutado que adquirieron REUNIÓ-V1092I o REUNIÓ-H1094Y puede beneficiarse de la terapia combinatoria con EGFR-TKI y MET-TKI, proporcionando información sobre el tratamiento médico personalizado.
Fondo
El cáncer de pulmón es la principal causa de mortalidad relacionada con el cáncer en todo el mundo, y el cáncer de pulmón de células no pequeñas (CPCNP) representa los principales subtipos histológicos de la enfermedad [1]. Un desafío importante para mejorar los beneficios de las terapias dirigidas es comprender los mecanismos moleculares de la resistencia adquirida a los inhibidores de la tirosina quinasa (TKI).
Se han realizado enormes esfuerzos para identificar las mutaciones activadoras, en particular las implicadas en la iniciación del cáncer y la resistencia a los fármacos. Aproximadamente el 3% de los pacientes con NSCLC albergan REUNIÓ alteraciones de omisión del exón 14 (METex14), lo que resulta en una disminución de la rotación de MET y vías de señalización aguas abajo oncogénicas extendidas [2, 3]. La amplificación genómica focal de REUNIÓ (METamp) rara vez también puede ocurrir como un impulsor oncogénico primario y se identifica con mayor frecuencia en el contexto de la resistencia de derivación adquirida a los EGFR-TKI [4, 5]. Por otro lado, las mutaciones activadoras en MET TKD solo se han encontrado en el 13-20% de los carcinomas de células renales papilares tipo 1 (pRCC), incluidos V1092I, H1094Y/R/L, H1124D, L1195F/V, F1200I, V1188L, Y1220I, D1228H/N, Y1230C/D/H, M1131T y M1250T, que dan como resultado la activación del receptor MET independiente del ligando constitutivo e impulsan las vías de señalización oncogénicas aguas abajo [6].
En pacientes con NSCLC que albergan METex14 o METampadicional REUNIÓ las mutaciones activadoras se han documentado clínicamente y caracterizado preclínicamente para conferir resistencia a los inhibidores de MET tipo I (es decir, crizotinib, capmatinib y savolitinib) mientras que son sensibles a los inhibidores de MET tipo II (es decir, cabozantinib, glesatinib y merestinib) [7,8,9,10]. En particular, D1228N/H e Y1230H/C podrían mediar la resistencia a crizotinib en METex14NSCLC alterado al interrumpir la unión del fármaco. Estudios recientes también han demostrado que las mutaciones en los residuos L1195 y F1200 confieren resistencia adquirida a los MET-TKI de tipo II [11, 12]. Sin embargo, los estudios previos se basaron principalmente en estudios de casos y en un análisis exhaustivo de la variedad de REUNIÓ Se requieren mutaciones de TKD que podrían contribuir a la resistencia adquirida a los TKI.
En este estudio, evaluamos los datos de secuenciación específica de 86 pacientes con NSCLC que albergaban REUNIÓ Mutaciones TKD. Nuestro estudio reveló un amplio espectro de REUNIÓ Las mutaciones de TKD y proporcionaron información sobre los posibles mecanismos de resistencia adquiridos a los TKI.
Métodos
Muestras de pacientes
La extensa búsqueda en la base de datos identificó a 54 752 pacientes con NSCLC cuyas muestras tumorales y biopsias líquidas, incluidos plasma, líquido de cardiomiocitos, derrame pleural y líquido cefalorraquídeo, se analizaron mediante NGS específico entre junio de 2015 y noviembre de 2022 en Nanjing Geneseeq Technology Inc. Este estudio incluyó 138 REUNIÓ Pacientes con mutación TKD positiva cuyas muestras se recolectaron en todos los hospitales participantes. El estudio fue aprobado por el Comité de Ética Médica del Laboratorio Médico Nanjing Geneseeq (NSJB-MEC-2023-01). Se obtuvo el consentimiento por escrito de cada paciente antes de la recolección de la muestra. Las muestras calificadas se analizaron mediante secuenciación de próxima generación dirigida utilizando paneles de genes dirigidos en un laboratorio de pruebas clínicas certificado por CLIA y acreditado por CAP (Nanjing Geneseeq Technology Inc., Nanjing, China). Las muestras de tejido fijadas en formalina e incluidas en parafina (FFPE) fueron confirmadas por patólogos del centro de pruebas clínicas centralizadas antes de las pruebas genéticas. Las biopsias líquidas se enviaron dentro de las 48 h posteriores a la recolección de la muestra al laboratorio central de pruebas para la extracción de ADN libre de células (cfDNA) y las siguientes pruebas. Las características clínicas y la historia del tratamiento se extrajeron de las historias clínicas.
Secuenciación dirigida de última generación
La extracción de ADN se llevó a cabo siguiendo protocolos estándar como se describió anteriormente. [13, 14]. Específicamente, las muestras de FFPE se desparafinaron con xileno, seguido de la extracción de ADN genómico utilizando el kit de tejido QIAamp DNA FFPE (Qiagen Cat. No. 56404) de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Las muestras de biopsia líquida se centrifugaron a 1800 g durante 10 min, seguidas de extracción y purificación de cfDNA de plasma con el kit de ácido nucleico circulante QIAamp (Qiagen Cat. No. 55114). La distribución de fragmentos de cfDNA se analizó en un Bioanalyzer 2100 utilizando el kit de ADN de alta sensibilidad (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, 5067-4626). Como control normal, se extrajo el ADN genómico de glóbulos blancos en sedimentos utilizando el kit DNeasy Blood & Tissue (Qiagen Cat. No. 69504). La concentración de ADN se cuantificó utilizando el kit de ensayo dsDNA HS en un fluorómetro Qubit 3.0 (Life Technology, EE. UU.) de acuerdo con las recomendaciones del fabricante. La biblioteca NGS se construyó utilizando el kit KAPA Hyper Prep (KAPA Biosystems) con un protocolo de fabricante optimizado para diferentes tipos de muestras. El enriquecimiento del objetivo basado en la hibridación se llevó a cabo con el panel de NGS dirigido GeneseeqPrime™ y el kit de reactivos de hibridación y lavado xGen Lock-down (Tecnologías de ADN integradas) [15]. Luego, la biblioteca enriquecida con objetivos se secuenció en plataformas HiSeq4000 o HiSeq4000 NGS (Illumina) de acuerdo con las instrucciones del fabricante.
Llamada de mutación
Los datos de secuenciación se desmultiplexaron primero y se sometieron al control de calidad del archivo FASTQ utilizando Trimmomatic [16]. Los datos calificados (QC por encima de 15 y sin bases N extra) luego se sometieron a un mapeo del genoma humano (hg19) utilizando Burrows-Wheeler Aligner (BWA-mem, v0.7.12; https://github.com/lh3/bwa/tree/master/bwakit). Kit de herramientas de análisis del genoma (GATK 3.4.0; https://software.broadinstitute.org/gatk/) se empleó para realizar la realineación local en torno a los indels y la recalibración de la puntuación de calidad base. Se utilizó Picard para eliminar los duplicados generados durante la preparación de la muestra. Se aplicó VarScan2 para detectar variaciones de un solo nucleótido (SNV) y mutaciones de inserción/deleción. Los SNV se filtraron si la frecuencia alélica variante (VAF) era inferior al 1 % para el tejido tumoral y al 0,3 % para el líquido…
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